Postdoctoraal Onderzoeker in Tumor-Microbioom Onderzoek / Zeller Groep

Wat ga je doen?

Als postdoctoraal onderzoeker binnen de Microbiome Systems Biology-groep van het LUMC wordt jouw belangrijkste verantwoordelijkheid het computationeel analyseren van multimodale ruimtelijke gegevens om het complexe samenspel tussen microben en gastheercellen in tumorweefsels in kaart te brengen. Je zult de belangrijkste ruimtelijke data-analist van de groep worden en een belangrijke rol spelen in zowel de conceptuele ontwikkeling van nieuwe microbiome-imagingtechnologieën als in het analyseren van de resulterende gegevens om nieuwe inzichten te verkrijgen in de interactie tussen microben en gastheer in gezond en ziek weefsel. Samenwerkend met toonaangevende experts op het gebied van microbiome-onderzoek, ruimtelijke technologieën, computationele modellering van signaalnetwerken en mucosale immunologie in heel Europa, draag je bij aan baanbrekende studies over de wisselwerking tussen tumoren en microbiota. Jouw drie belangrijkste taken zijn:

• Bijdragen aan het ontwerp van nieuwe multiplex-FISH-technologieën door barcodingschema’s, probes en decodeerbenaderingen te ontwikkelen.
• Ontwikkelen en toepassen van computationele tools voor bio-beeldanalyse, waaronder beeldregistratie, cel-segmentatie en de afbakening van moleculaire niches in tumorweefsels.
• Integreren en analyseren van gegevens van verschillende ruimtelijke en bulk-omicsplatforms, die samen een rijkdom aan moleculaire informatie van zowel het microbioom als de gastheer vastleggen, om relevante interacties voor tumorgenese en ontsteking in kaart te brengen.

In deze functie maak je deel uit van een interdisciplinair en internationaal team, waarbij je werkt aan baanbrekend onderzoek met het potentieel om onze kennis over tumorecosystemen fundamenteel te veranderen.

Waar ga je werken?

Het LUMC, gevestigd in Leiden, Nederland, is een academisch medisch centrum dat zich richt op patiëntenzorg, onderzoek en onderwijs, met als doel voorbereid te zijn op de uitdagingen van de zorg van morgen. Het LUMC heeft een sterke onderzoeksfocus en verbindt en combineert fundamenteel onderzoek naar ziektemechanismen.

Je komt te werken in de nieuw opgerichte LUCID-afdeling, waar onderzoekers uit microbiologie, parasitologie, immunologie en infectieziekten samenwerken aan zowel fundamentele als translationele projecten. Binnen deze afdeling sluit je je aan bij de Microbiome Systems Biology-groep onder leiding van Georg Zeller. Deze groep bestudeert interacties tussen het microbioom en de gastheer die van belang zijn voor menselijke gezondheid en ziekte. De groep combineert sequencing- en beeldvormingstechnieken met computationele en statistische analysemethoden om de samenstelling, functie en ruimtelijke organisatie van het menselijk microbioom te onderzoeken. Het doel is een kwantitatief inzicht te krijgen in hoe het microbioom samenwerkt met externe factoren zoals voeding of medicatie, hoe microben bijdragen aan ziekteprocessen zoals kankervorming en hoe aanpassingen in het microbioom kunnen worden ingezet om de menselijke gezondheid te herstellen en medische behandelingen te verbeteren.

Wat neem je mee?

Je bent een nieuwsgierige en creatieve onderzoeker die energie haalt uit het oplossen van complexe problemen en het nemen van verantwoordelijkheid voor uitdagende projecten. Je streeft naar resultaten met impact en voelt je enthousiast om nieuwe gebieden binnen microbiome- en kankeronderzoek te verkennen. Werken in een internationaal en divers team geeft je energie, en je waardeert samenwerking net zo sterk als zelfstandig werk. Je hebt een sterke interesse in high-throughput benaderingen en kwantitatieve biologie, en je passie voor innovatieve methoden drijft je om de grenzen van je vakgebied te verleggen. Daarnaast beschik je over:

• Een PhD in een biomedische richting, bij voorkeur in computationele biologie of een gerelateerd vakgebied.
• Aantoonbare ervaring met bio-imaging en ruimtelijke data-analyse, evenals sterke programmeervaardigheden in Python.
• Expertise in het ontwikkelen van computationele tools voor beeldregistratie, celsegmentatie en het ontwerpen/decoderen van fluorescentiebarcodes.
• Bij voorkeur een goed begrip van, en praktische ervaring met, statistische en machine learning methoden, en/of het analyseren van andere omics-datatype, bij voorkeur metagenomics of transcriptomics.
• Mogelijk ook ervaring met het integreren en analyseren van nieuwe ruimtelijke datamodaliteiten om inzichten te verkrijgen in moleculaire interacties tussen gastheer en microben.

Wat bieden we jou?

Door gezondheid gedreven; dat is onze missie. Dit geldt uiteraard niet alleen voor onze patiënten maar ook voor onze medewerkers. Met Future@Work garanderen wij een plezierige werkomgeving en bieden wij ruimte voor ontwikkeling. Om te kunnen blijven leren en ontwikkelen bieden wij interne opleidingen en bijscholing aan. Daarnaast heb je recht op een eindejaarsuitkering (8,3%), vakantiegeld, fietsregeling, sportbudget en reiskostenvergoeding voor woon-werkverkeer. Ook ben je als medewerker van het LUMC aangesloten bij het ABP pensioenfonds. Dit betekent dat maar liefst 70% van je pensioenpremie betaald wordt door het LUMC en je daardoor netto meer salaris over houdt. Wel zo fijn!

Bekijk alle arbeidsvoorwaarden van het LUMC.

Waar staan wij voor?

Als academisch medisch centrum streeft het LUMC naar een medewerkersbestand dat een goede afspiegeling is van de samenleving. Wij zetten ons in voor de hoogste kwaliteit op het gebied van gezondheidszorg, onderwijs en (internationaal) onderzoek, waarbij diverse perspectieven van cruciaal belang zijn. Duurzaamheid staat bij ons ook hoog in het vaandel: we zetten ons in voor een gezonde toekomst, niet alleen voor mensen, maar ook voor de planeet. In lijn met deze waarden willen we een creatieve en inspirerende werkplek zijn, waar het voor ons van essentieel belang is dat iedereen zich thuis, veilig en erkend voelt. Bij ons draait het om wie je bent en wat je bijdraagt, ongeacht je achtergrond. Samen werken wij aan een duurzame en inclusieve toekomst, zowel voor de mensen om ons heen als voor de wereld waarin we leven. Samen zijn wij LUMC.

Meer informatie

• Als postdoctoraal onderzoeker bedraagt je salaris minimaal € 3.493,- en maximaal € 5.504,- bruto per maand (schaal 10, CAO UMC). Deze bedragen zijn op basis van een fulltime dienstverband. 
• De procedure bestaat uit verschillende fasen, waaronder virtuele en gesprekken op locatie. Gedetailleerde informatie over de vervolgstappen in het sollicitatieproces volgt spoedig.
• Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld.